İstanbul Valiliği Özgür-Der'i kapatmak için dava açtı. 7 Kasım 2008 tarihinde Özgür-Der Genel Merkezi, şubeleri ve bazı kardeş kuruluşlar tarafından imza edilip kamuoyuna deklare edilen "İnancımızın ve Kimliğimizin Aşağılandığı; Resmi İdeolojinin Dayatıldığı Törenlere Tavır Alalım!" başlıklı bildiri ile ilgili olarak İçişleri Bakanlığı'nın emri ile İstanbul Valiliği İl Özel Denetim Ekipleri tarafından dernekte denetim gerçekleştirildi. Bildiriye imza veren diğer şubeler ve diğer dernek ve vakıflar da, bu süreçte İçişleri Bakanlığı'nın emriyle teftişe tabi tutuldu. Valilik tarafından daha sonra, Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı'na yapılan başvuruda, dernekler kanunundaki bazı maddelere istinaden "Anayasa ve kanunlarla açıkça yasaklanan amaçları veya konusu suç teşkil eden fiilleri gerçekleştirmek amacıyla kurulamaz!" hükmü gereğince Özgür-Der'in kapatılması talep edildi.
İstanbul Valiliği'nin suç duyurusu üzerine Fatih Cumhuriyet Başsavcılığı, Genel Başkan Hülya Şekerci'nin ifadesine başvurdu ve Asliye Hukuk Mahkemesinde kapatma davası açtı.
Özgür-Der'den yapılan açıklamada, İstanbul valiliğe protesto edilerek, "Resmi İdeoloji'nin temel inanç ve pratiklerini oluşturan laiklik ve resmi tören dayatmalarını kanunlar ve kolluk kuvvetleri eliyle yediden yetmişe bütün bir topluma dayatmaktaki ısrarı makul ve mantıklı olmadığı gibi hiç bir gerekçe ile kabul edilemez. Devletin kimsenin inancını, ibadetini veya dünya görüşünü belirleme hakkı yoktur ve olamaz da. Mevcut kanunlar ve teamüller her ne olursa olsun otoriter ve totaliter devlet mantığı adalet ve özgürlükler ekseninde değişmek zorundadır." dendi.
